本文目录一览：
- 1、哪个软件可以比对DNA序列
- 2、怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似
- 3、分子进化树构建及数据分析方法介绍【转】
- 4、bioedit与系统不兼容
- 5、bioedit怎么导入本地数据库
哪个软件可以比对DNA序列
1、网络搜索下载并安装bioedit软件。将你所要比对的序列以fasta格式粘贴在文本文档里。BioEdit软件打开文本文档，选中所有的序列，按下图方法选择要打开的标签。
2、这样一来等生成对应的结果以后，即可利用bioedit做序列的比较了。
3、打开snapgene软件，点击新DNA。将需要比对的DNA序列或者参考基因序列***到框内。选择线性还是环状，点击编辑，点击比对，即可。脱氧核糖核酸，缩写为DNA，是生物细胞内含有的四种生物大分子之一核酸的一种。
4、Bowtie2 是一款经典的短读长序列（ 50-100 bp，最多可到1000 bp ) 比对软件，节约内存且灵活与成熟的短序列比对软件，比较适合下一代测序技术。支持单端测序（unpaired) 和双端测序的比对。
怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似
网络搜索下载并安装BioEdit软件。将你所要比对的序列以fasta格式粘贴在文本文档里。BioEdit软件打开文本文档，选中所有的序列，按下图方法选择要打开的标签。
打开相关的窗口，直接按照图示的顺序进行选择。这个时候弹出新的对话框，需要勾选Note下面的方框。下一步如果没问题，就通过点击Run ClustalW来确定。
看序列的同源性要查染色体。染色体（chromOSome） 是真核细胞在有丝分裂或减数分裂时DNA存在的特定形式，由染色质丝螺旋缠绕，逐渐缩短变粗形成。
利用系统进化分析软件对序列进行同源性分析0目的1为了保持国际上各个耐药性实验室的高检验水准，进行分子进化分析是有很重要作用的。它不仅可以保证流行病学目的顺利实现，而且有利于发现检测阶段可能产生的潜在的交叉污染。
分子进化树构建及数据分析方法介绍【转】
1、简单步骤 1 序列的比对bioedit软件下载，然后将比对好的序列转化成.nex格式 2 运行MrBayes，简单步骤如下bioedit软件下载：（依次输入命令，完成简单也最常用的分 析）bioedit软件下载：Execute filename.nex，打开待分析文件，文件必须和mrbayes程序在同一目录下。
2、然后为了搞清不同物种间细胞色素C氨基酸的差异，从而确定物种间的亲缘关系，我们首先需要把它们进行对齐。在菜单中选择“Align”，下面有3个对齐方法，任意选择一个进行对齐即可。对齐中 这时就能构建进化树了。
3、下面是构建单倍型分子系统树的一般步骤：数据收集：首先，需要收集样本的遗传数据，通常是DNA序列数据。这些数据可以通过测序技术（如Sanger测序或高通量测序）来获取。
4、一般来说，发育树构建可分为两大类：观察性方法、推断性方法。系统发育树的构建步骤如下：数据准备：基因的核苷酸序列，SNP位点，蛋白的氨基酸。多序列比对：常用的软件包括MEGA，Clustal X，Muscle，Phylip。
5、进化树上的节点有外部节点和内部节点两种。外部节点又称为叶节点（上图中绿色圆圈），代表参与分析的基因组数据（例图中是***的基因组序列），一般情况下一个基因组也即带代表一个物种。内节点用蓝色的圆圈表示***定祖先。
6、． 构建系统进化树 多序列比对窗口，点击Data，选择Phylogenetic Analysis，弹出窗口询问：所用序列是否编码蛋白质，根据实际情况选择Yes或No。此时，多序列比对文件就激活了，可以返回MEGA 5主界面建树了。MEGA 5主界面。
bioedit与系统不兼容
造成该原因，是因为php生成自定义文件名时，出错了。我们找到负责上传程序的PHP文件，查看生成自定义文件名的代码。rand()生成随机数，确保文件名不重复。
需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。BioEdit是一个生物序列编辑器与分析工具软件，可以帮助用户对核苷酸序列，蛋白质序列等进行所有的常规的分析操作，比如引物设计、序列比对、系统发育。
系统发育分析中，最大似然法（ML）和贝叶斯法（BI）是对替代模型非常敏感的两种算法，因此，利用ML法或BI法重建系统发育树前，替代模型的选择是必不可少的过程。
利用系统进化分析软件对序列进行同源性分析0目的1为了保持国际上各个耐药性实验室的高检验水准，进行分子进化分析是有很重要作用的。它不仅可以保证流行病学目的顺利实现，而且有利于发现检测阶段可能产生的潜在的交叉污染。
而PAML则并不适合构建进化树。ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。ML也可以使用 PAUP或者PHYLIP来构建。这里作者推荐的工具是BioEdit。
而PAML则并不适合构建进化树。 ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。ML也可以使用PAUP或者PHYLIP来构建。这里作者推荐的工具是BioEdit。
bioedit怎么导入本地数据库
需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。BioEdit是一个生物序列编辑器与分析工具软件，可以帮助用户对核苷酸序列，蛋白质序列等进行所有的常规的分析操作，比如引物设计、序列比对、系统发育。
你需要把基因组数据做成本地数据库，使用菜单里的create a local nucleotide database file功能建立本地DNA数据库，建库的原始数据需要做成fasta格式的，建成的数据库存放在\bioedit\database文件夹里。
打开BioEdit的序列，选中要***的序列。在Sequence中选择ExtractPositions。输入起始位置和结束位置，点OK.键盘按Ctrl+C进行***，新建一个文件，在File中选择ImportfromClipboard。或者直接***到记事本中。
网络搜索下载并安装BioEdit软件。将你所要比对的序列以fasta格式粘贴在文本文档里。BioEdit软件打开文本文档，选中所有的序列，按下图方法选择要打开的标签。
如果你知道你要找的基因的名字应该是可以很快的找到你要的序列，那你只能通过做比对来判断了一般提交NCBI上的基因组都有预测CDS的，所以上面都有标出每个CDS的可能功能及相应蛋白或酶的名字。如果没有。
